San Dionigi Papa del 261 fece fare questa chiesa. Ebbe poi molti ristori, e l'ultimo pochi anni addietro dalle monache, che la ridussero in una bella proporzione. Quivi sono molte reliquie insigni, e fra l'altre si dice esservi un'immagine di nostro Signore, ch'egli mandò al re Abagaro; e la testa di s. Giovanni Batista, donde prese il nome questa chiesa.
Le pitture della prima cappella sono fatiche di Giuseppe Chiari: nella seconda è s. Francesco, che riceve le Stimate, colorito dal Gentileschi Pisano, e i laterali sono di Luigi Garzi: nella terza è il quadro con la venuta dello Spirito santo, opera di Giuseppe Ghezzi: ed in quella della crociata un altro con Maria Vergine, il Figlio, s. Giovanni, e s. Silvestro, dipinto da Tarquino da Viterbo.
Il catino nella croce della chiesa, dipinto ad affresco con Dio Padre, e Angioli, e nei triangoli quattro Santi, sono opere del Roncalli, con l'aiuto di Giuseppe Agellio, e del Consolani suoi allievi, le quali son in essere.
Il quadro nell'altare dall'altra parte è di Terenzio da Urbino, che rappresenta la Vergine con Gesù, s. Paolo, s. Niccolò vescovo, e da basso s. Maria Maddalena, e s. Caterina della rota, e gli Angioli di stucco sono del Rusconi, come quelli della prima cappella di s. Antonio.
Nella cappella, che segue, la Concezione con volta e lunette sono del Gemigniani: e i due quadri laterali sono opere del cav. Mazzucchelli da Morazzone.
Le due istorie dai lati, che sono la Visitazione di s. Elisabetta, e l'Adorazione dei Magi, furono terminate ad affresco dal cavalier Pier Francesco suddetto da Morazzone Lombardo, che anche fece l'altra lunetta, e le figure nei pilastri, che vi son rimaste.
La cappella seguente è tutta quanta dipinta dal mentovato Lodovico Geminiani; e Lorenzo Ottone fece gli stucchi in alto con un gruppo di puttini. Il Crocifisso colle Marie s. Giovanni a' piedi, dipinto nh altare dell'ultima cappella, come anche i laterali, le lunette, la volta, e gli angoletti sono opera di Francesco Trevisani, e queste sono stimate le più belle sue fatiche, avendole fatte nel fiore dell'età.
Il voltone, architettato dal Breccioli, è di Giacinto Brandi, che vi rappresentò l'Assunta di Maria Vergine, s. Giovanni, e s. Silvestro con una gloria d'altri Santi, e gruppi d'Angioli: anche gli ornati ricchi d'oro sono di suo disegno; e li bassirilievi di stucco son del Gramignoli.
Li Apostoli nel lunettone sopra l'organo son del suddetto Brandi, come sono le volte dei bracci della chiesa.
Al presente vi si vede anche la nuova facciata di marmo, eretta col disegno di Giovanni de' Rossi, nella quale sono quattro statue, una delle quali rappresenta s. Silvestro Papa, scultura di Lorenzo Ottone; l'altra di s. Stefano è di Monsù Michele: la terza di s. Francesco, è di Vincenzio Felice; e la quarta rappresentante s. Teresa è del Mazzoli; il tutto fatto a spese della san. mem. di Papa Clemente XI, a cui sommamente è stato a cuore l'ornamento dei sacri tempi.